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La molecola del Diflucan ha dimostrato di essere efficace sia in vitro che in vivo contro i seguenti miceti, alcuni dei quali riscontrabili comunemente nella popolazione generale: Candida albicans, Candida glabrata, Candida parapsilosis, Candida tropicalis e Cryptococcus neoformans. Inoltre, possiede attività in laboratorio ma efficacia clinica ancora da dimostrare contro altri microrganismi: Candida dubliniensis, Candida guilliermondii, Candida kefyr, Candida lusitaniae. Diflucan trova quindi applicazione clinica nella terapia delle candidosi orofaringee, se assunto per almeno un paio di settimane, oltre che per patologie più gravi come criptococcosi a dosaggi più alti. Ad esempio, trova utilizzo nei casi di meningite criptococcica in pazienti affetti da AIDS, e di meningiti coccidioidee.
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Gli effetti collaterali più comuni riscontrati durante terapia a base di Diflucan a dosaggi maggiori di 200mg sono alterazioni gastrointestinali: nausea e vomito. In caso di terapia prolugata sono stati riscontrati anche casi di alopecia reversibile. E' sconsigliato l'utilizzo in gravidanza, in quanto nelle sperimentazioni precliniche è risultato essere teratogeno nei roditori. Infine, rari effetti collaterali associati al Diflucan sono alcune lesioni esfoliative della pelle (ad esempio la sindrome di Steven-Johnson) ed epatite. Come altre molecole della stessa classe, interferisce con il metabolismo di altri farmaci, tra cui: contraccettivi orali, cimetidina, rifampicina, warfarin, ciclosporina, zidovudina, teofillina, ipoglicemizzanti orali. Per questa ragione, ne è sconsigliata l'assunzione in contemporanea.
E' di fondamentale importanza consultare il proprio medico curante prima di intraprendere una terapia a base di Diflucan. In primo luogo, per evitare il presentarsi di sintomi indesiderati derivati dall'interazione con altri farmaci assunti contemporaneamente o in precedenza, alcuni utilizzati nella terapia di patologie molto incidenti nella popolazione generale, come il diabete o l'ipertensione arteriosa. Bisogna in secondo luogo ricordare che, nel caso il Diflucan non sia la molecola più adatta alla terapia della specifica patologia da miceti, questa può andare incontro a una recrudescenza in seguito a fenomeni di resistenza insorti nella popolazione fungina. Infine, consultare in ogni caso il proprio medico di base precedentemente alla somministrazione pediatrica o geriatrica del farmaco.
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